Los Humedales de Soacha son:
• La Laguna de Tierra Blanca: Ubicada al sur occidente del casco urbano entre los barrios Ducales, Santa Ana y Compartir en la Comuna Uno, la cual presenta un alto estado de deterioro debido a que a él llegan las aguas residuales de este sector de municipio sin ningún tipo de tratamiento, así mismo está sufriendo un fuerte proceso de presión urbanística sobre su ronda. El humedal cuenta con Plan de Manejo por parte de la CAR al cual se le debe dar estricto cumplimiento, igualmente es necesario iniciar acciones en procura de su recuperación y conservación. La Alcaldía Municipal debe ejecutar las acciones policivas que indica la Ley para proteger su zona de ronda.
El sector oriental del Humedal que se encuentra dentro de la Hacienda Buenos Aires y colinda con la ronda del Humedal de Neuta es el sector más conservado del humedal y aún se encuentran allí gran cantidad de aves endémicas y migratorias.
• Humedal de Neuta: Ubicado a solo 800 mts del parque principal del municipio, en el Barrio Quintas de la Laguna, Comuna Dos. Tiene una extensión de 30 has con su zona de ronda y es uno de los humedales que se encuentra en mejor estado de conservación en la Sabana de Bogota a pesar de que, como todos ellos, ha sido sometido a rellenos ilegales, invasión de ronda, vertimientos de aguas residuales a través del brazo del Río Soacha que lo abastece y actividades agropecuarias que generan contaminación al ecosistema. 
Los diferentes tipos de hábitat que presenta el humedal como son espejos de agua, zona de juncos, plantas acuáticas, zona de ronda, playas y zonas de transición húmedo-seco, son propicios para que habite en él una gran variedad de fauna, como aves, mamíferos, anfibios, insectos y se puede decir que este pequeño ecosistema alberga toda la cadena alimenticia necesaria para su sostenimiento.
Las labores de arborización y mantenimiento que se esta realizando en la zona de ronda y el trabajo de sensibilización con las comunidades ha logrado el embellecimiento paisajístico del sector y la recuperación del hábitat para especies de aves en el humedal.
La CAR ha formulado el Plan de Manejo del Humedal Neuta, ha coordinado labores de siembra, las organizaciones comunitarias han realizado proyectos de educación, arborización y embellecimiento del Humedal, la Administración Municipal debe iniciar acciones tendientes a ejecutar el Plan y hacer campañas de educación y promoción de la riqueza ecológica del Humedal, así mismo es necesario hacer cumplir la normatividad en lo referente a los usos del suelo en zona de ronda evitando los cultivos, el uso de agroquímicos y el pastoreo, así como el uso excesivo del agua del Humedal, el cual en época de verano se ve fuertemente afectado.
• Humedal de Tibanica – Potrerogrande en límites con Bosa, localidad del Distrito, en la Comuna Tres del Municipio de Soacha. Este ecosistema esta siendo afectado por aguas residuales y rellenos que lo tienen reducido a menos de la mitad de su extensión original. En este encontramos una gran variedad de fauna especialmente de aves y dentro de ellas, la población de cucarachero de pantano, la más grande de todos los humedales de Bogotá. También habitan en él, tinguas y llegan aves migratorias de otras latitudes. El Humedal Tibanica ha sido declarado Parque Ecológico Distrital y exige que el Municipio de Soacha se pronuncie sobre los 17 metros de ronda que le corresponden, haciendo cumplir la normatividad respecto a esta clase de suelo y efectuando el desalojo de quienes hoy la invaden en el sector del Barrio La María, con el propósito de terminar el cerramiento que realizó la empresa de Acueducto de Bogotá. Es deber del Municipio ejecutar las acciones que le corresponden para la protección de este humedal y dar a conocer la riqueza de este valioso ecosistema dentro de la población del Municipio.Entre los Humedales de Tibanica, Neuta, San Isidro y Tierrablanca existe un corredor biótico, que gracias al estado rural que aún conserva el sector de La Chucua, utilizan las aves en su desplazamiento habitual. Para la supervivencia de los humedales sería muy importante mantener este corredor dentro del proyecto habitacional que se está proyectando en el sector.
• La Represa de Terreros es el más afectado de los humedales de Soacha, ya que recibe aguas negras tanto de Bogotá como de toda Cazucá y Ciudadela Sucre. A este humedal hasta hace menos de veinte años llegaban gran cantidad de aves migratorias, especialmente patos canadienses dado el gran cuerpo de agua que poseía y se encontraba aún pez capitán, sin embargo la cantidad de aguas servidas que recibe la han convertido en un ecosistema difícil de recuperar y de pronta intervención considerando que si se hace efectivo el acueducto de la Ciudadela Sucre, esta Laguna adquiriría otras características que el Municipio debe planificar.
Existen en el Municipio otros humedales que están siendo considerados como tales en la Revisión y Ajustes del POT, como son:
El Vínculo en el predio del mismo nombre donde se realizará un proceso urbanístico, el Municipio debe asegurar su conservación considerando que este hacía parte del Humedal de Tierrablanca antes de ser construida la autopista Sur y que debe seguir manteniendo una interconexión subterránea.
San Isidro: La zona de chucuas conocidas en Soacha como Pantanos Puyana en el sector del barrio San Isidro, presentan importante diversidad de flora y fauna y se debe conservar como tal.
Río Bogotá: En su paso por Soacha con su enorme carga de contaminación afecta el paisaje, el medio ambiente y la salud de los habitantes del municipio especialmente en la comuna Uno donde sectores como Ciudad Latina ,Quintas de Santa Ana y San Nicolás sufren consecuencias por los olores generados por el Río y riesgo de inundación, así mismo el sector de El Charquito, en el Corregimiento Dos, sufre el impacto del represamiento del Río en la Represa del Muña, tanto en los momentos en el que el caudal se encuentra retenido como cuando se suelta el Río.
Se debe tener en cuenta que Soacha está involucrada en los Pactos de Cumplimiento que hacen parte de la sentencia que obliga la descontaminación del Río Bogotá, sin embargo no ha sido tenida en cuenta en las determinaciones que proyectan la descontaminación final del río en la Planta de Tratamiento Canoas, ubicado en la Vereda del Mismo nombre. El Municipio debe estar atento a las obras que se están proyectando es este sentido debido a la magnitud y al alto impacto ambiental que esta generará en el Corregimiento Dos, la Comuna Uno y en general en todo el Municipio.Los ecosistemas del Municipio toman gran relevancia al entrar en vigor tratados y convenios internacionales como el Protocolo de Kyoto, el Tratado sobre Biodiversidad Biológica, el Tratado sobre Desertización, mediante los cuales se pueden canalizar recursos importantes para el municipio.
